La ciudad de San Salvador ha tenido en su historia tres catedrales debido a desastres que destruyeron la edificación. La primera catedral se ubicaba en el sitio de la antigua iglesia parroquial y donde hoy está la iglesia el Rosario, al oriente de la Plaza Libertad. La segunda, y también la tercera catedral, se ubicó frente a la Plaza Gerardo Barrios de San Salvador, también conocida como Plaza Cívica que en su costado occidental se levanta el Palacio Nacional. La catedral tiene una historia de tragedia y de renacimiento.
Debido a los terremotos que asolaron San Salvador, la parroquia fue varias veces destruida y reconstruida; así, por el terremoto del 21 de abril de 1594, quedó sepultado bajo los escombros del templo el párroco Francisco Ramos. Para cuando la ciudad fue visitada por Pedro Cortez y Larraz, arzobispo de Guatemala (en cuya jurisdicción se encontraba la entonces alcaldía mayor de San Salvador, varios de los edificios de la ciudad se veían arruinados a causa de los temblores.
Los terremotos del 30 de mayo de 1776 y 2 de febrero de 1798 dejaron inutilizado el templo parroquial, viéndose en la necesidad de reconstruirlo; mientras tanto, se utilizó como parroquia provisional la iglesia ermita de la presentación (más adelante denominada iglesia del Pilar o de San José, que quedó en ruinas luego del incendio del 8 de diciembre de 1975). Sería hasta 1808 que inició la construcción del nuevo templo, gracias a la iniciativa del presbítero José Matías Delgado que desde el 12 de agosto de 1797 se encontraba ejerciendo como vicario provincial y juez eclesiástico del partido de San Salvador; quedando habilitado para el servicio divino en 1811, finalizando su construcción en 1818. Este templo tuvo la forma de una cruz latina, con el eje mayor dirigido de este a oeste, dividido en una nave central y dos laterales; la fachada hecha de sólida mampostería tenía en el rumbo sur una torre para el campanario; las naves laterales estaban hechas en sus fundamentos de piedra y sobre ello de ladrillo; y el techo estaba cubierto de teja.
El 28 de febrero de 1842, se creó oficialmente la diócesis de San Salvador, por la que la antigua parroquia se convirtió en la primera catedral; el 28 de enero de 1843 fue nombrado como primer obispo Monseñor Jorge de Viteri y Ungo,quien tomo posesión de su cargo el 25 de septiembre de ese año.